Το Περιφερειακό Γυμνάσιο Ξυλοφάγου λειτούργησε για πρώτη φορά το Σεπτέμβρη του 1993 στην κοινότητα Ξυλοφάγου, μετά την αποπεράτωση της πρώτης φάσης ανοικοδόμησης του κτιρίου. Στο σχολείο φοιτούν μαθητές και μαθήτριες από τις κοινότητες Ξυλοφάγου και Λιοπετρίου.
Την πρωτοβουλία για την ίδρυση του Περιφερειακού Γυμνασίου Ξυλοφάγου είχαν οι τοπικές αρχές των δύο κοινοτήτων. Η εξαγγελία της ίδρυσης του Γυμνασίου δημοσιεύτηκε στον ημερήσιο τύπο στις 07.10.1990 και ο θεμέλιος λίθος κατατέθηκε στις 21.06.1992. Τα εγκαίνια του Γυμνασίου τελέστηκαν στις 13.05.1995 από την Υπουργό Παιδείας και Πολιτισμού κ. Κλαίρη Αγγελίδου.
Τα σχέδια του κτιρίου και των βοηθητικών εγκαταστάσεων εκπονήθηκαν από τις Τεχνικές Υπηρεσίες του Υπουργείου Παιδείας και Πολιτισμού.
Το κτίριο περιλαμβάνει 21 αίθουσες, γραφεία, βιβλιοθήκη, αποθηκευτικούς χώρους, γήπεδα, αίθουσα πολλαπλής χρήσης, αναπαυτήριο μαθητών. Το σχολείο διαθέτει επίσης σύστημα κεντρικής θέρμανσης.
Το Σεπτέμβρη του 1993 γράφτηκαν στο σχολείο 310 μαθητές, οι οποίοι κατανεμήθηκαν σε 10 τμήματα, 6 τμήματα της Α΄ τάξης και 4 τμήματα της Β‘ τάξης. Το σχολείο λειτούργησε με 25 καθηγητές. Διευθυντής ήταν ο κ. Αβραάμ Σέπος.
Το 1994 το Γυμνάσιο λειτούργησε με 400 μαθητές οι οποίοι κατανεμήθηκαν σε 16 τμήματα, 6 τμήματα της Α΄ τάξης, 6 τμήματα της Β‘ τάξης και 5 τμήματα της Γ‘ τάξης. Στο σχολείο εργάστηκαν 39 καθηγητές.
Το 1995 το Περιφερειακό Γυμνάσιο Ξυλοφάγου λειτούργησε με 40 καθηγητές - με πλήρη απασχόληση - και 501 μαθητές. Οι μαθητές είχαν κατανεμηθεί σε 17 τμήματα, 6 τμήματα της Α‘ τάξης, 6 τμήματα της Β‘ τάξης και 5 τμήματα της Γ‘ τάξης.
Στις 13 Μαΐου του 1995 έγιναν τα εγκαίνια του Σχολείου από την έντιμη Υπουργό Παιδείας και Πολιτισμού κ. Κλαίρη Αγγελίδου.
Το 1996 γράφτηκαν 518 μαθητές, κατανεμήθηκαν σε 7 τμήματα της Α‘ τάξης, 6 τμήματα της Β‘ τάξης και 5 τμήματα της Γ’ τάξης. Στο σχολείο εργάζονταν 45 καθηγητές.
Διευθύντρια και τις τρεις αυτές σχολικές χρονιές, 1994-1996, ήταν η κ. Φαίδρα Παπακώστα, ενώ το 1997-2000 διευθυντής ήταν ο κ. Χαράλαμπος Φακλαμάς.
Τις σχολικές χρονιές 2000-2001 και 2001-2002, διευθύντρια ανέλαβε η κ. Αντρούλα Αντωνιάδου.
Το 2002-2004 διευθυντής ήταν ο κ. Ιάκωβος Ιακώβου, ενώ την χρονιά 2004-2005 διευθυντής του σχολείου ήταν ο κ. Κυριάκος Σαββίδης.
Στις 11 Μαΐου του 2001 έγιναν τα εγκαίνια του κλειστού σταδίου του Περιφερειακού Γυμνασίου Ξυλοφάγου από τον έντιμο Υπουργό Παιδείας και Πολιτισμού κ. Ουράνιο Ιωαννίδη.
Το 2005 - 2006 και το 2006 - 2007 διευθύντρια του σχολείου ήταν η κ. Γεωργία Ιωάννου.
Το 2007 - 2008 διευθυντής ήταν ο κ. Οδυσσέας Χριστοδούλου.
Το 2008 - 2009 και το 2009-2010 διευθύντρια ήταν η κ. Αντωνία Παυλά.
Το 2010 - 2011 και το 2011 - 2012 ήταν δευθυντής ο κ. Νικόλαος Καραγιώργης.
Το 2012 - 2013 ήταν διευθυντής ο κ. Γιάννης Σουρουλλάς.
Το 2013 - 2014 και το 2014 - 2015 ήταν διευθυντής ο κ. Γεώργιος Πασχαλή.
Το 2015 - 2016 του σχολείου το 2015 ήταν διευθυντής ο κ. Λεωνίδας Νεοκλέους.
Το 2016 - 2020 ήταν διευθυντής ο κ. Μάριος Λυσάνδρου.
Το 2020 - 2022 διευθύντρια ήταν η κ. Έλενα Παρασκευά.
Διευθύντρια του σχολείου από τον Σεπτέμβριο του 2022 είναι η κ.Έλενα Αναστασιάδη.